Analyse de données en Biologie / Fluorescence

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Bonjour à tous,

Je suis amené à devoir faire de l’analyse de données d’une de mes expériences où j’analyse la fluorescence (ici GFP mais peut importe). Ca a été réalisé sur un lecteur de plaques (qui fonctionne globalement comme un spectrophotomètre).

Mon expérience correspond à chaque fois à 3 fois la même chose et j’en ai 2 (expériences, donc 6 courbes in fine). Avec bien sûr un contrôle (négatif) pour bien faire ça. Je dois donc tracer la fluorescence en fonction du temps. Je vous ai mis quelques données pour vous donner une idée (y en a bien plus bien entendu).

J’aimerais idéalement mettre toutes mes courbes sur un même graphique pour pouvoir comparer mes données. Mon soucis c’est que les intervalles de temps ne sont pas toujours identiques… Du coup, je vois pas trop quoi faire. Quelqu’un m’a suggéré de faire une moyenne des trois pour chaque expérience et puis de tracer le graphe pour chaque mais je ne pense pas que ça soit une bonne idée.

Si vous avez des idées, je suis preneur :-)

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PL. Intervalle t   Fluorescence


I09 00:00:11.37     940

I09 00:00:11.68     974

I09 00:00:12.00     886

I09 00:00:14.54     992

I09 00:00:14.86     918


I10 00:46:01.88     726

I10 00:46:02.20     822

I10 00:46:02.52     786

I10 00:46:02.84     756

I10 00:48:09.53     808

PL. = Emplacement du mélange. I09 et I10 correspondent à la même expérience, c’est simplement une répétition mais les intervalles changent comme on peut le voir.

Merci d’avance!

Édité par ZDS_M

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Auteur du sujet

Je compte utiliser MATLAB normalement. En fait je pense que c’est important I09 00:00:11.37 940 et I10 00:46:01.88 726 soient au même endroit (donc ne pas mettre I10 au temps 46 min mais 11 min). Vu que les valeurs n’ont pas l’air de tellement osciller je suppose que c’est pas très important (la fluorescence change peu).

J’avais pensé à simplement garder la colonne de fluorescence et de faire un vecteur temps [10, 20, 30, …] min dans MATLAB pour tout comparer mais scientifiquement je sais pas si ça tient la route! J’ai surtout pas envie de mal traiter des données :p

Merci!

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Cette réponse a aidé l’auteur du sujet

Si je comprends bien, tu veux suivre l’évolution de la fluorescence au cours du temps dans différentes conditions. Dans ce cas tu dois calibrer ton 0 de l’axe du temps en soustrayant pour chaque condition le temps initial.

La représentation sous MatLab des courbes superposées ne devrait pas poser de problème ensuite, sinon si c’est juste pour faire un graphe, d’autres outils comme Regressi ou même Excel s’en sortent très bien.

Petit goéland très cordial

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Auteur du sujet

Si je comprends bien, tu veux suivre l’évolution de la fluorescence au cours du temps dans différentes conditions.

Tu comprends bien! En gros, je travaille sur des lysats de différentes cellules compétentes (competent cells) d’E. coli et je compare effectivement la fluorescence (GFP) quand on ajoute un ADN linéaire ou un plasmide.

Dans ce cas tu dois calibrer ton 0 de l’axe du temps en soustrayant pour chaque condition le temps initial.

Je comprends pas trop ce que tu sous-entend par le temps initial. Tu veux dire la différence entre chaque mesure ?

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En fait je crois que j’ai une question ; ce que tu notes l’intervalle t, c’est le laps de temps entre deux mesures successives ou c’est le temps absolu depuis que tu as allumé l’appareil et donc l’intervalle correspond à la différence de temps entre deux mesures (ce qui me paraît le plus logique mais ça m’interpelle) ?

Par ailleurs, ce qui explique que tu as autant de temps entre I09 et I10, c’est bien juste que quand tu as fait ton expérience, tu as d’abord uniquement fait le puits I09 et quand c’était fini, le puits I10 ?

Petit goéland très cordial

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Auteur du sujet

C’est le temps absolu. Il faut faire la différence pour avoir la différence de temps.

Par ailleurs, ce qui explique que tu as autant de temps entre I09 et I10, c’est bien juste que quand tu as fait ton expérience, tu as d’abord uniquement fait le puits I09 et quand c’était fini, le puits I10 ?

Goeland-croquant

Oui, c’est ça. Le lecteur de plaque que j’utilise lis d’abord, dans ce cas-ci, le compartiment nommé I09 et puis passe à I10. :-) (Enfin, c’est ce que je comprends des données car il semble que I10 commence à la 46e minute… Après, je trouve pas ça forcément logique vu qu’on compare des choses qu’on a rentré au même moment dans le lecteur de plaque..)

Édité par ZDS_M

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