Amorces et PCR

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Auteur du sujet

Bonjour,

Je suis en train d’étudier ma biologie moléculaire et il y a une question que je me pose. Admettons que je fais un PCR et que j’utilise 2 amorces, mais au lieu qu’elles soient une amorce sens et antisens, admettons que j’utilise plutôt 2 amorces sens à des positions différentes. Ma question est la suivante : est-il possible d’amplifier la séquence si j’ai un 2 amorces qui vont dans la même direction? Est-ce que ça couperait une partie et répliquerait tout le reste du brin?

Merci d’avance :)

Édité par Le Gigot

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Bah pour répliquer ta molécule d’ADN tu as besoin de répliquer les deux brins. Si je reprends ta question pour simplifier un peu et qu’on dit qu’on ne met jamais qu’une seule amorce sans antisens associé Alors à chaque cycle tu vas reproduire un unique brin, qui ne pourra pas servir de matrice à son tour donc avec n cycles tu auras produit n brins depuis la région ciblée. Donc quoi qu’il arrive tu ne pourras pas amplifier suffisamment pour voir quoi que ce soit.

Petit goéland très cordial

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Auteur du sujet

Merci de ta réponse! Si j’ai bien compris, les 2 brins seront répliqués, mais pas assez pour que ça soit utile (par exemple ce ne sera pas visible sur un gel d’électrophorèse). Il y aura bien une réplication (des 2 brins différents) à chaque cycle mais il n’y aura pas d’amplification exponentielle. C’est bien ça? :)

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Tu as mal compris (donc ça me laisse croire que tu n’as pas bien assimilé la réplication de l’ADN, je t’incite à revoir la nécessité des amorces pour chaque brin). Si tu ne mets qu’une amorce contre un brin, tu ne feras jamais que répliquer un seul des deux brins).

Je mets une image faite à la va-vite pour essayer de montrer ce qui va se passer, sachant donc qu’après n cycles, tu n’auras que n fragments simples brins (en vert) - et rien n’assure que le brin complémentaire (rouge) du brin matrice (violet) se réassocient au lieu de rester en solution en simple brin, mais je l’ai représenté quand même.

Édité par Goeland-croquant

Petit goéland très cordial

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Auteur du sujet

Non, j’avais bien compris ça. :P

Ce que je voulais dire, c’est que si on met 1 amorce sur chaque brin qui vont dans le même sens, est-ce qu’il y aurait 2n copies après n cycles?

Merci quand même pour ta réponse. :)

Édité par Le Gigot

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Auteur du sujet

Oh pardon, tu as complètement raison, je voulais plutôt dire : 2 amorces qui vont dans la même direction sur le même brin mais qui partent à des endroits différents. Mais ça revient à l’explication de ton avant dernier message, j’imagine ?

Désolé, je réussis à m’embrouiller moi-même et en plus c’est des connaissances assez basiques de bio mol, je suis pas très fier de moi. xD

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Si tu as deux amorces sur un même brin, tu vas juste faire de la réplication des 2 bouts du complémentaire du brin ciblé (puisque la processivité de l’ADN-pol n’est pas infinie), donc à supposer qu’elle travaille au max possible, tu vas créer des bouts simples brins, d’une longueur voisine de quoi, 3 kb environ, selon les caractéristiques de l’ADN pol utilisée, ce qui nous ramène à la situation précédente ( sauf qu’alors il y a deux régions cibles, mais le principe est identique).

Petit goéland très cordial

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